基因组组装(Genome assembly)，基因组组装可以分为从头组装(De novo assembly) 和映射比对组装(mapping assembly)。
我的基因组组装流程如下：
1、使用FastQC对raw-date进行质量评估，指导接下里需要对基因组的处理，譬如，过滤，裁剪等。
2、“Trimmomatic”过滤低质量的数据
3、过滤后的文件，用“Kmergenie”来预测最佳的kmer值。
4、使用从头组装软件进行拼接，例如用Velveth、SOAPdenovo、Spades、IDBA、Megahit得到contig
5、用quast评估这一阶段拼接结果
6、“用contig组装scaffold”，这一步不清楚怎么进行。
7、使用映射比对组装(mapping assembly)软件，将scaffold按照参考基因组拼接成为完整的基因组。
现在的问题有两个：
（1）是第4步骤产生的contig 能否直接替代第6步骤中的scaffold，如果不能替代的，有什么软件来实现这一步？
（2）第7步骤映射比对组装(mapping assembly) ，我没查到用什么软件。