关于flash写操作的问题

写flash的时候怎么样才能不影响中断函数的执行，就是让中断函数不要延时执行。
具体实验是用tim3定时器定时开关对应的io来实现亮度调节，但是每一次进行flash操作的时候，都会有一小段时间控制不了io口，导致亮度调节完成之后灯会闪一下。本人想解决这个问题，请问各位有什么好的方法和思路

1. 用硬件PWM控制亮度
2. 写FLASH时并不需要一直关闭中断。