用ballgown计算转录组差异表达基因的问题

我有hisat2+stringtie+ballgown的路线算的转录组差异表达基因。stringtie输出了所有基因的FPKM值和ballgown所需的输入文件。用ballgown依据stringtie的结果算完差异表达后，发现，ballgown算的fold change、pval和利用stringtie输出的FPKM用Excel直接算的fc值、p值不一样。请问这正常吗？因为我觉得既然ballgown是依赖于stringtie的，那ballgown应该是使用了stringtie计算的FPKM值吧，难道ballgown是重新计算了count值，重新计算了FPKM值？

我是这么理解的。ballgown计算差异表达是基于counts值，差异表达分析不用FPKM值。拿FPKM值直接算差异肯定会跟ballgown输出的不一样吧

直接用EXCEL算FC是不严谨的,可以看一下limma的经典差异分析方法，需要fit的

看第15行，fpkm 和stringtie 的结果都支持Y上调；但ballgown 给出的结果是 Y下调