公司项目原先用的是structs1.4，并且是一个维护了将近十年的老项目，现在要改成ssh框架的，ＪＤＫ和相应的框架都升级到主流的版本，请问在项目的重构和设计中有什么要注意的，另外怎么发挥出新框架的优势？
有点像毛虫变蝴蝶，成蛹后要几乎化成一泡脓水再重塑啊。
改造应该分阶段吧，原项目只有struts么？备份原项目什么的就不说了。
第一阶段，上spring，和hibernate，原jdbc部分读源码，抽象持久化对象，数据迁移。确保原项目正常运行。
第二阶段，上struts2或network2，这一部分，后台应该比第一阶段轻松，因为很多action的代码可以直接copy外加小改造。前台改造，部分在前台的不合理位置源码可以向后台转移。最终也是确保项目能正常运行。
第三阶段，优化，改spring，hibernate等配置，上新需求，部分链接可以改造，旧的ajax等都改造成新的。楼主所说的使用新技术，什么的都在这里做，第一部分的spring只用来做框架，集成hibernate和struts用，现在这里可以注入自己定义的东西，原本没有分层的service层也可以在这个部分改造。
最终新老项目都可以运行（不同数据库）。
就你目前的情况来看，不能算是重构，而是重写了。因为就你描述而言，已经是伤筋动骨了。
重构的过程中建议一定要读透原来的代码，然后感觉它那些地方是非让你改不可的，然后用最新的框架和技术把它改到你满意位置。
通常新的框架都有自己的最佳实践，也就是它自己的组织规范，遵照它的规范去组织代码一般就没有问题。
这个项目升级的技术选型是基于什么考虑的呢？是人员知识结构还是新功能升级？对于升级到JDK和struts，我个人觉得可以理解。就系统升级这个问题而言，我建议先在原项目中1，如果已经有Model层，则在Model类中引入JPA的Annotation（注解）；如果没有，则先抽取出Model层，然后分离逻辑代码和JDBC代码，在添加Annotation。然后使用JPA的API替换JDBC操作，注意查询语句的处理。
2，引入Spring Core，仅引入数据库连接池和扫描JPA的Annotation。
完成1，2后，进行完整的功能测试。
3，如果时间允许，可以引入Spring MVC。
4，如果原系统有缓存，那么根据缓存中间件与Spring的集成，调整配置和使用。
题外话：如果仅仅是因为新员工不会Servlet+JDBC，那么可以考虑新增功能独立到新的WEB应用，采用URL跳转集成整个系统；如果仅仅是为了维护，那么我个人认为不值得进行这样的投入，是该推出下一代系统的时候了，一个运行了10多年的系统，需要考虑一下升级换代了。