Traceback (most recent call last):
File "/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/george-weingart/lefse/a6284ef17bf3/lefse/format_input.py", line 435, in <module>
feats = numerical_values(feats,params['norm_v'])
File "/shed_tools/testtoolshed
生信小白根据网上的教材学习使用Huttenhower的web Galaxy平台进行LefSe分析,第二步就报错了。报错的代码如上代码框,小白搜索了一下好像是python方面的错误?有没有哪位大佬能指导一下是哪方面的原因导致的报错?该如何解决?非常感谢!
问题解决!让人哭笑不得……
我的数据文件表头第一行为主分类Class
第二行为子分类Subclass
第三行为样本名称SampleID
第四行开始为数据内容
由于是第一次分析,我不太确定子分类对结果的影响能有多大,于是我没有选择存在子分类的选项,分析软件不知道正式数据从第四行开始,识别不出第二行写的是什么,于是报错了。
在此再次感谢CSDN专家-HGJ 的积极帮助,但为了后来遇到相同问题的同学能更为快速直接地找到解答,采纳我最后还是决定留给自己了。
转换为浮点数的字符串中有的字符串转换不了,即不是数字。检查代码中v的元素,是否有空字符串,英文字符串或其他非数字字符,用replace方法先对数据进行清洗过滤。
Traceback (most recent call last):
File "/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/george-weingart/lefse/a6284ef17bf3/lefse/format_input.py", line 435, in <module>
feats = numerical_values(feats,params['norm_v'])
File "/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/george-weingart/lefse/a6284ef17bf3/lefse/format_input.py", line 174, in numerical_values
feats[k] = [float(val) for val in v]
ValueError: could not convert string to float: HIT
原文的代码可能不完整,不知这段是否更完整一些。
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我也出现了类似的错误,结果我给电脑装了python之后,他就好了