R语言命令,提示所有的观察量都属于同一个组,请问需要怎么修改?

做一个大肠癌的临床分析,代码如下

setwd("C:\\stomach\\Gene shaixuan\\13.clinicalCorFilter")                #修改工作目录
expFile="rocSigExp.txt"                                                             #表达数据文件
clinicalFile="clinical.txt"                                                         #临床数据文件

exp=read.table(expFile,sep="\t",header=T,check.names=F,row.names=1)                 #读取表达数据文件
cli=read.table(clinicalFile,sep="\t",header=T,check.names=F,row.names=1)            #读取临床数据文件
exp=exp[,3:ncol(exp)]
samSample=intersect(row.names(exp),row.names(cli))
exp=exp[samSample,]
cli=cli[samSample,]
pFilter=0.05   

#临床相关性分析,输出表格
outTab=c()
outTab=rbind(outTab,c("id",colnames(cli),"SigNum"))
colnames(outTab)=c("id",colnames(cli),"SigNum")
for(i in colnames(exp)){
        clinicalPvalVector=c()
        sigSum=0
        for(clinical in colnames(cli)){
            tab1=table(cli[,clinical])
            labelNum=length(tab1)
              rt1=cbind(expression=exp[,i],clinical=cli[,clinical])
              if(labelNum==2){
                  cliTest<-wilcox.test(expression ~ clinical, data=rt1)
              }else{
                  cliTest<-kruskal.test(expression ~ clinical, data=rt1)}
              pValue=cliTest$p.value
              clinicalPvalVector=c(clinicalPvalVector,pValue)
              if(pValue<pFilter){
                 sigSum=sigSum+1
              }
        }
        geneClinical=c(i,clinicalPvalVector,sigSum)
        outTab=rbind(outTab,geneClinical)
}
write.table(outTab,file="clinicalCor.xls",sep="\t",col.names=F,row.names=F,quote=F)

 

错误提示:Error in kruskal.test.default(c(0.1288139, 1.956022, 0.08705673, 0.04433887,  : 
  所有的观察量都属于同一个组

 

输出文件是空白

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