GSEA用Y叔的clusterProfiler,到gseaplot这一步,
> gseaplot(U87_GSEA,geneSetID = 1, by="runningScore" ) Error in if (abs(max.ES) > abs(min.ES)) { : 需要TRUE/FALSE值的地方不可以用缺少值
求助,出了什么问题,怎么改。
附: 使用的是MSigDB数据库下载的gmt文件
#import gmt gene data
Glioma_gmt<- "Glioma.gmt"
Glioma<- read.gmt(file.path(Glioma_gmt))
U87_GSEA <- GSEA(U87genelist,
TERM2GENE = Glioma,
pvalueCutoff = 0.5,
verbose = T)
这个结果已生成,但是画图报错……
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