cfg.hhlib = '/home/jia/anaconda3/pkgs/hhsuite-3.3.0-py37pl526hfa133b6_0' cfg.database = '/mnt/sharefile/jbl/UniRef30'
# calculate HMM feature tmp_dir = HMM_DIR + '/' + name os.system('mkdir ' + tmp_dir) os.system('cp ' + TEST_DIR + '/' + file + ' ' + tmp_dir) comm = ('export HHLIB=' + cfg.hhlib + ' &&' + 'export PATH="$PATH:' + cfg.hhlib + '/bin:' + cfg.hhlib + '/scripts" && ' + cfg.hhlib + '/bin/hhblits -i ' + tmp_dir + '/' + file + ' -n 3 -e 0.001 -d ' + cfg.database + ' -cpu 6 -ohhm ' + HMM_DIR + '/' + name + '.ohhm -diff inf -id 99 -cov 50') os.system(comm)
- 21:43:24.514 INFO: Search results will be written to /mnt/sharefile/jbl/AHs/example/features/HMM/1CCMA/1CCMA.hhr
- 21:43:24.539 ERROR: In /opt/conda/conda-bld/hhsuite_1598678489476/work/src/ffindexdatabase.cpp:11: FFindexDatabase:
- 21:43:24.539 ERROR: could not open file '/mnt/sharefile/jbl/UniRef30_cs219.ffdata'
根据错误提示,程序无法打开文件/mnt/sharefile/jbl/UniRef30_cs219.ffdata。
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你还可以确保文件名的大小写与实际文件名匹配。