比较两个fasta序列的碱基个数并提取ATG及之后的序列

请求大佬帮忙写个脚本:

比较两个fasta序列的碱基个数,
1、如果fasta1<fasta2,则输出fasta1第一个ATG及之后的碱基序列。同时输出fasta2的第一个ATG及之后的碱基序列。
2、如果fasta1>fasta2,则判断fasta1-fasta2的这段序列中是否存在终止密码子(TAG,TAA,TGA)
           如果存在,则输出fasta1文件终止密码子之后的第一个ATG及之后的碱基,同时输出fasta2文件第一个ATG及之后的碱基序列
           如果不存在,则输出fasta1第一个ATG及之后的碱基序列,同时输出fasta2文件第一个ATG及之后的碱基序列
3、输出处理后的fasta1、fasta2文件中每条序列的碱基个数,另存为一个文件
4、fasta1、fasta2文件分别有两个,为±方向的序列,+序列做以上处理,-序列需要先转为+序列然后做以上处理

fasta1+文件示例:

>PGSC0003DMT400004961::chr08:47200220-47203045
GGAATTAGAATTAAAAGAAATTCTTCCTCACTAAAAGTTCTCCATTATGGGCCAAAAAGCTCTTCCTCACTAAAATTATTTATGCTTTTGTAGAGGTAACTCCCACTTGTCCGGTGTGACGAACTCGACCCAGAAGGCAAATCCCTTGCCAACTTGAGACATCCGATTTGAAAATCCCAAGCCCAAACGACTCAGCTTCACAATTTATTAACTTCACGCAGAAACAAACTGATAACAAGACTTGAAAAAAGGTCTGGAGCTTTTTCAATCATGGAGTTAGTACTGCAATACTGTACAAAAAAGCTAGGAAATGAAGCGATTGAGCGCGAATACAGAAGAAGATGGGAAGAAATAAGGAAAGCTTATATGCCCCTATGGAGCAATTCAACTGCAGAGTCTCACTCAAATTAATATTTGAAAATGCAATATAACAAGACAACATCTTACAGGCCTATAGGCCATAATAACATGTAGTATGTCTTATTTAAAGAGAAGAACATTAGCACACTGTAAAGCCAGCTGAAAGTCTTCGATACTATAACTAGTTTACTTCCACTTCTTGAATTTACCTCCGAACATCCCTCCCTTGCCATGCTTGCCATGCTTTCCATGTTTGAATTTCCCTCCCTTGCCATGCTTAAACTTGCCTCCTCCATAATGACCACCTCCATAATGACTGCCGCCTCCAACAAATGGCACACCATGTCCTCCCATGTGAGATCCACCGTGTGACAGCTTATGAGCGCCATACGCAGCAGCTGCAGCTGCAGCACCTCCAGCTAACATTACCCCCATGCCACCATGTCCTCCTGAAAAGTAACAAGCAAACAAACACGAAAAATTAATAATGAGGAAATTGTCAAGATGTACTTGGTCACAAAAGTCGCAACATATTATAAATGTTCATTATTTTCCTGCATCTAGTTGTTCAAGTGATACCATTGCTATCAAAGAAACTTAACTAGACAAATCCAAAAAGGGTGCAACCAATTAGACAGTATCTTATTGGGATGTCCGGGGGTTGTCGACAGCTTATAAATTACTAAATGAAGTCTTTACAAGTTACTTCCAAGAAACTTGGGAAGAAATAATACCTGACTGGTGTGGAGCACCATGATGACCTGCAGGAGGATATCCCTGTGGAGGATATCCTTGTTGTGGAGGATATCCAGCAGGTGGATATCCTCCTTGCGGAGGATAACCCTGTTGTGGATACCCTTGCTGTGGAGGGTACCCTTGTTGTGGAGGGTACCCTTGAGGAGGATACCCTTGCTGCGGAGGGTAACCACCGTGCTGTGGAGGATACTGTCCTGGATGTCCGTGATGACCACCAGCAAGACCACCCATACCTCCCATTATATTGTTAAAGAGTCCCTTATCAGAATCATCCTTACCACCTCCCATATTTCACTAGTACCTAAAACAGATAAATACTTGTCAGACATATTACAACAATGACTAAGTAGGAATGAAATCAAATGAAATTCGTAGATGATAAAAGATTATGAGCCACAAGATATCAATTACTACTCTTAACTTCAAATATGCTTTCTGAAACATCCAATCAATCAAAGAAGAATTATGTGCACAACTAATGATCAAGCAACCACTGATTGAACTTGTAGTACATCATATATAGATAGTGCACATCAAGAAACAAGAAAGGTGGACACCAACATAAAGCTGATTGTTAAGTAGGAGAAGTGTTAAATTTTAACACAACAAGCTGCAGACAGAATTGCAGGAAGCCAGCTAATATGTTCTGAGCAAGTGAAAATGCAAAAAAACAGGAGGGTAGACATAAACATTTTTATAAATTTCTATGCAGTACCCTAGCCTCCATTCCTGAATAAGTTTTCAGATCACCCTAAGAAAAAAAAAAAACCTTCACCTCTCAAAGATTAGAAGCATCAAAAGTTCTTTTTTTGTTTTGGATAAGTTGGAAACAACTTGCATTTTGAGGAAAAAGGAGAGGCCTTTTTTAGAGGGGTGGATAATAAAGAAGGAAAAGTGACTAAATCTAATGAAACAAAAGGAGCTAAAACCAAATATCCATTCTTTTTTCATGATTTTTTTCTTTTTTTGGAATCTAAGTTGCATGACTATTTGTTTATAATACACCTTGAAAAAAGACAAAACTCAATTAAAACAGATCTCTATTCCCTTCTACAGCAAAATCATGCAAGAGGACAAAATCCTCATTTTCTAAAGCATCCAAATTCAGTTCCAGAATAGGACAATTCTCAACCCAAAAACAGAAAAAAGGGAACTAATAGTCTCTCTTTCCAATTCAACAAAACCAAAATTTAAAACCCAATGACTCATCAGCTAAACAGAAAATACAGAGAAAACACAAAATGATTGATCATACAAAAAAAAATCAAAATGGTAAAAACCAAATCTTCTGTTTTTCCATTTAATCAAAACCCAAATCAAAAAAAGTCACAAGGGAAGAAACAATCAAACTTGAATTTCCAAAATCAGTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAGCTGATCTAATCTGTAGTAGGTGGTCATAGAAACAAAAATCAAAAGGGTAGACCCAAAATCCTTTAATTTTCCCATTAACAAAAACCCAAATCTAAAAAACATCAAAAGGGTACAAAAAGATCAATTTTTTAATTACAAAAGACCAGATCTTGAATTATCAGACTGATGATCATCATCTGGGCAATTCAGATAATTCATGCATGGCTTAACAAATCATCAAACAAGAGAAAAGTATCATCAATGGGGTAAAAGGAGAAGGGGCTCTTACAGATTTATCTCCTTGAGAAGTTGAACGAACGTTTGTTTAACAAACGATATGG
>PGSC0003DMT400073331::chr06:49955574-49958868
AAACATGCAGTGCCATTTAAAACCTTCTCTTGTATCAGCTGATAGAACTTTCTCCATTGGTTTATATTGTGGTAAAGTATCCCCTGAATTTGAGGTTTTAACAAGATGGTTCACGTGGATGCTGGCAAGTTCTTTTAGTGTAACAGGAGCTCCAAAGCTGTAAGTTGTAACTCATGGATGTTTGATTCCCTTCAGTGTGGTTTATTCCGAGATAACTGAAGCGATGCAATTTTCTATGATTGATGGAAGTGGAAGTTCAACAAATGTGGGAGGCTTAGCTACCTGGTGTAGGGGTGTGATACCATGTTTAAGTCAGCTAAGCTACTATAATTCCACATTTAATGCATTCATCCTGAAGAGGTCAGTGTACGTTATTTTCCGTATGCTCTCTTTTACATCTTAACTTTGTGTGGTAGTGCCATAGCTCCCTATTCATCAAGCTTTGCACATTCTACCCTTATATATGTAATGAATTTTTTGAGTAATTCTAGTCATTGCTGAATAACTTATCGCCTTATCTAGGACTACCTCCTTTTTTACCCAAAAAAATTAAATTGAGTGCTATTCATTTGTTTTTGTTGCTTTTTCCGGGTTATGTATCCTATCCTTGTAAATTATTCAAAACTTGTGATGTGAAGGAGAAGGGTAGTCATTTATCTTGGATTCCAGTCATTGTTTTTGGAAAAAATTGAAAATATAGGATAAATGGTATGAATGGAAATATCAACAGCACGAAAAGTGTGGTTGGAACTTTTGAATACATTGATTGATGATATCTTTTGGTCAATTATAGTCACCTCTCAGGTATAGTATTGGCCTTTGGGACTACGAATTGGTTCACTAGAATAAAGATTGGGGACAAATGTGACGTGTCTGTATATATCAAAAGAAAAAAAGTGATCTGATTTGTCCAAAGCTGTTGAAAGGCAAATAATAGCTCTTTGAACCCAAAAAAAAAACACTGTAAAAGGAAAAGCACATAACCTTCACAGGCTTTCAATATCATACTATAAAGCTTTGTTTTTCTCTTCACCCTTTTTCAGAAGGATAAACAGTGACTTCCTCATCAGTGTGACCACATTGTGAAAGCTCCCCTTCCTTTCAAGTGTTGTCCTGGTTGGAACAACTCTGTATTCTCCCCAACATAACCCATAATCAAGAGAATTGTTGAACTAAGTTGTGGGAACTCTTCACTTTCGATGCCGCACCCATGTCGGATTCTCCAAAAATAGTGTATTTTTGGGGAATATGACATGCACCCAATTGACTTTTTTGAAGAATCCGAGCAACATAGTTGTTGAGTAGTTAATCAAACAATAATGTCCTAATTCTATATTAGTGTGATTTGCAGTATATTTCTCTGTATCCATTCCGCTCAGTTCAGGTTCAATATCACGGTTCAACTAATTTTACGATGATTGTAATAAGCCTATTAATAGATAAAAGATTAACTTCCATTTGCTTGTTGCTGCATATTTTAGATTTTCATTTCCACTGAAAGCATTTGCATATACAATATTTGTTAGCATTATGAAGAAACGAGCAAAAGAATAAAGGTGAATCAAATAAAGCATTGGCCTTTCTGCATAAGGAAATTCTAGGATGCATTCGAATCTGACGTCAACGGCGTAGATGGAGGTAGTGGGCTTCTGGTTTCGTTACTACTTTTGGATTTGGCAATTGGAGGAGACTGCAAAGAAACTGACGATGGATTTGAAGGAGTCGTCTTATTCGAGCTACTCTGAGGTTTCTTGTTGTTTGATGGATTTGAAGATGTAGTCGGCTTATTCGAGCTGCTCTGCGGTTTCTTCTTGTCCCCTTCACCCGATGGATTCGAAGACGGAGTCTGGTTATTCAAGCTGCTCTGAGGTTTCTTCTTGTCCCCTTCACCTGATGGATTCGAAGACGGAGTCTGGTTATTCAAGCTGCTCTGAGGTTTCTTGCTGTTCCCTTCACTTGCCTTGTCCTCCATCCGATGGTGGCGAACTTTGGTAGACTTTAAGCTCATTGGAACAATACAATGGCAAACGAAACCTACACACACCAACAATTACCAAGTTAATAAATTTCTCATATCAACAAGTTGCAGAACACTAACTATTCAAACTTGAGAACTTTATAACCCCTTCAATGACTGCAACAAGCTCATGTTGAAGATTCCTATCGTGTTAAAGGCTACGAAAAACTTTCAACGCAGCCACTGAACTCGGTAGGAATCTTCTGCAATGACTGCAAAAAATCATTGCCAAGAACAAACATTGAGACTTCTATGAAACTACCCAGAAGCTTCCTGATTCAACATGTCTAGAAAACAAGGTACTCTCTCCGTCCCAATTTATGTAACACTTAACTATTCAAAGTGTTTGAATTTTGACCAAACATTTTAAAATGTATTTTCCGAATATTCAAGCATGTGAAACAATAAATCTGACTGAAAATCTTACCAATTCTTGCTAGTCGATTAACCCAACTGGGAATTGGATTGTTAGTGAGTTTAACACAAGCATCACTACAGAAATGGTTACAATTCTTAGTAATAAGATTGTAAGCATTTCCTTTATACTTATCAGCAAGTTCTTCCATAACTCTTCTTACTTCTCTAGGTGTCTTCTCCGTCCATCCGATCAAAATTGTCTTCCTGAAAATAAATCCTTCACACTTTTTCGGCTCCCCTTCGAAAATTCCAGTACTTGGATACTCATGAGCTCCAAATGCATACTCAACTCCATGAACTAGCTACCATAACCCACCACCATCAACAAATAATTAGTATAAACTTTGCTACAGTTAATTAAGAAAAAACCAGATCTGAATAACAATGAAAAGTTTGAAGATTGAGTAACTGACCTTGAACGCCGGAATGGTAAACTCCGAGACCCAGCCAATAAGCATAACCATTCATCGGAGTTAGATCGTATACGTTTAAGTACACCGGCACCGATCCACGGCCATTATTAACTGATTTTTTGCAGCAGAGCATCTTGAAATAAAAACAGAGGAACTTTTCAGGTTCCTCGCATTGTGAAGATGTAAAGAAAGAGAATTCTGAATTTTCCGATTGATTGAGTTGCATTGAATTTCTGGTATATGTGGGCAGTACTTGGTAGGTAAATGAAAGAGGAAATGTGGGTCCTCTTATTTTGGAGTTGGCGGTGGAGTGGGGACTGAGGGTACCACCGGCGGCGATACAGTGGCCGTACCGGTAGGTATAAAAGGAGGAGAAGAGATTAGTTGGAAAATTGGAATCTTTCAGCCGAAGAGTGTATTATAATGGTGGCTGAGAGTGTATTGTGG

fasta2+文件示例:

>PGSC0003DMT400004961::chr08:47200220-47203144
GGAATTAGAATTAAAAGAAATTCTTCCTCACTAAAAGTTCTCCATTATGGGCCAAAAAGCTCTTCCTCACTAAAATTATTTATGCTTTTGTAGAGGTAACTCCCACTTGTCCGGTGTGACGAACTCGACCCAGAAGGCAAATCCCTTGCCAACTTGAGACATCCGATTTGAAAATCCCAAGCCCAAACGACTCAGCTTCACAATTTATTAACTTCACGCAGAAACAAACTGATAACAAGACTTGAAAAAAGGTCTGGAGCTTTTTCAATCATGGAGTTAGTACTGCAATACTGTACAAAAAAGCTAGGAAATGAAGCGATTGAGCGCGAATACAGAAGAAGATGGGAAGAAATAAGGAAAGCTTATATGCCCCTATGGAGCAATTCAACTGCAGAGTCTCACTCAAATTAATATTTGAAAATGCAATATAACAAGACAACATCTTACAGGCCTATAGGCCATAATAACATGTAGTATGTCTTATTTAAAGAGAAGAACATTAGCACACTGTAAAGCCAGCTGAAAGTCTTCGATACTATAACTAGTTTACTTCCACTTCTTGAATTTACCTCCGAACATCCCTCCCTTGCCATGCTTGCCATGCTTTCCATGTTTGAATTTCCCTCCCTTGCCATGCTTAAACTTGCCTCCTCCATAATGACCACCTCCATAATGACTGCCGCCTCCAACAAATGGCACACCATGTCCTCCCATGTGAGATCCACCGTGTGACAGCTTATGAGCGCCATACGCAGCAGCTGCAGCTGCAGCACCTCCAGCTAACATTACCCCCATGCCACCATGTCCTCCTGAAAAGTAACAAGCAAACAAACACGAAAAATTAATAATGAGGAAATTGTCAAGATGTACTTGGTCACAAAAGTCGCAACATATTATAAATGTTCATTATTTTCCTGCATCTAGTTGTTCAAGTGATACCATTGCTATCAAAGAAACTTAACTAGACAAATCCAAAAAGGGTGCAACCAATTAGACAGTATCTTATTGGGATGTCCGGGGGTTGTCGACAGCTTATAAATTACTAAATGAAGTCTTTACAAGTTACTTCCAAGAAACTTGGGAAGAAATAATACCTGACTGGTGTGGAGCACCATGATGACCTGCAGGAGGATATCCCTGTGGAGGATATCCTTGTTGTGGAGGATATCCAGCAGGTGGATATCCTCCTTGCGGAGGATAACCCTGTTGTGGATACCCTTGCTGTGGAGGGTACCCTTGTTGTGGAGGGTACCCTTGAGGAGGATACCCTTGCTGCGGAGGGTAACCACCGTGCTGTGGAGGATACTGTCCTGGATGTCCGTGATGACCACCAGCAAGACCACCCATACCTCCCATTATATTGTTAAAGAGTCCCTTATCAGAATCATCCTTACCACCTCCCATATTTCACTAGTACCTAAAACAGATAAATACTTGTCAGACATATTACAACAATGACTAAGTAGGAATGAAATCAAATGAAATTCGTAGATGATAAAAGATTATGAGCCACAAGATATCAATTACTACTCTTAACTTCAAATATGCTTTCTGAAACATCCAATCAATCAAAGAAGAATTATGTGCACAACTAATGATCAAGCAACCACTGATTGAACTTGTAGTACATCATATATAGATAGTGCACATCAAGAAACAAGAAAGGTGGACACCAACATAAAGCTGATTGTTAAGTAGGAGAAGTGTTAAATTTTAACACAACAAGCTGCAGACAGAATTGCAGGAAGCCAGCTAATATGTTCTGAGCAAGTGAAAATGCAAAAAAACAGGAGGGTAGACATAAACATTTTTATAAATTTCTATGCAGTACCCTAGCCTCCATTCCTGAATAAGTTTTCAGATCACCCTAAGAAAAAAAAAAAACCTTCACCTCTCAAAGATTAGAAGCATCAAAAGTTCTTTTTTTGTTTTGGATAAGTTGGAAACAACTTGCATTTTGAGGAAAAAGGAGAGGCCTTTTTTAGAGGGGTGGATAATAAAGAAGGAAAAGTGACTAAATCTAATGAAACAAAAGGAGCTAAAACCAAATATCCATTCTTTTTTCATGATTTTTTTCTTTTTTTGGAATCTAAGTTGCATGACTATTTGTTTATAATACACCTTGAAAAAAGACAAAACTCAATTAAAACAGATCTCTATTCCCTTCTACAGCAAAATCATGCAAGAGGACAAAATCCTCATTTTCTAAAGCATCCAAATTCAGTTCCAGAATAGGACAATTCTCAACCCAAAAACAGAAAAAAGGGAACTAATAGTCTCTCTTTCCAATTCAACAAAACCAAAATTTAAAACCCAATGACTCATCAGCTAAACAGAAAATACAGAGAAAACACAAAATGATTGATCATACAAAAAAAAATCAAAATGGTAAAAACCAAATCTTCTGTTTTTCCATTTAATCAAAACCCAAATCAAAAAAAGTCACAAGGGAAGAAACAATCAAACTTGAATTTCCAAAATCAGTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAGCTGATCTAATCTGTAGTAGGTGGTCATAGAAACAAAAATCAAAAGGGTAGACCCAAAATCCTTTAATTTTCCCATTAACAAAAACCCAAATCTAAAAAACATCAAAAGGGTACAAAAAGATCAATTTTTTAATTACAAAAGACCAGATCTTGAATTATCAGACTGATGATCATCATCTGGGCAATTCAGATAATTCATGCATGGCTTAACAAATCATCAAACAAGAGAAAAGTATCATCAATGGGGTAAAAGGAGAAGGGGCTCTTACAGATTTATCTCCTTGAGAAGTTGAACGAACGTTTGTTTAACAAACGATATGGTCTCTGAATGGTATTTGAAGGGCTATTTGTGAATGAGATATTTCAATGATTCCACGCGTTACTTAAACGCGTACATGACGTGTGCTACTTTCAATAAGG
>PGSC0003DMT400073331::chr06:49955574-49958966
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参考一下:https://blog.csdn.net/david10251025/article/details/102093869

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