比如一个系统包括“人员管理”,“设备管理”，“订单管理”，“库存管理”等内容，实际的项目可能不需要所有的功能，只需要其中一部分。
现在所有代码都写在一起了，所有的表都在一个库里面，如果不需要某些功能 就是修改页面，把相关的链接去掉，页面上没了但是后台代码和数据库还有。
如果想实现“模块化”部署，应该怎么重构，重构的思路什么？
如果仅仅是模块化部署，使用maven足够了
将各个子系统拆分成不同的项目， 使用maven在部署时将各个子系统打成jar包形式
如果不需要某个系统，只需要修改pom.xml文件即可。
如果要实现物理上模块化就要采用osgi和远程通信技术了。不过我感觉你的系统不需要这些东西。。。不是什么高并发大访问量的互联网产品，使用maven就足够了
代码重构就涉及应用拆分， 将不同的业务单元拆分成各个不同的项目，然后用ant或者maven构建在一起。 好处是当系统越来越庞大，将大系统拆分可以降低维护成本，不同的开发人员可以关注不同的工程代码。
其实就是增量的文件覆盖到原来的文件里，
我感觉这跟构件开发的思路是一样的吧，对于java web方面来说应该把一个模块的类库封装在一起打成jar包，视图的东西就不好分清了，只能是用户权限那块将资源控制到页面级应该可以解决，但是东西还是那么多，另外可以考虑多做几套根据实际使用。你这个问题很好，继续跟踪你的话题。
提供一个简单的思路，分两部分：
[b]1、代码[/b]
可以借鉴Eclipse的RCP插件机制，将模块代码（java，jsp，properties，配置文件等）分离，比如：
WEB-INF\plugin\base\
WEB-INF\plugin\blog\
WEB-INF\plugin\cms\
WEB-INF\plugin\space\
......
在每个模块下自定义plugin.xml文件来实现模块的配置加载。
如果用到struts1可以参考我回答的这个问题：[url=http://www.iteye.com/problems/85161]http://www.iteye.com/problems/85161[/url]
[b]2、数据库[/b]
同上，将每个模块的DDL放到各自目录下
比如：
安装模块（CREATE TABLE） plugin\cms\install\database.sql
卸载模块（DROP TABLE） plugin\cms\uninstall\database.sql
基础数据库放入共通之下。
大体目录结构如下：
─WEB-INF
└─plugin
├─base
│ │ plugin.xml
│ │
│ ├─config
│ ├─install
│ │ database.sql
│ │
│ ├─jsp
│ ├─src
│ └─uninstall
│ database.sql
│
├─blog
│ │ plugin.xml
│ │
│ ├─config
│ ├─install
│ │ database.sql
│ │
│ ├─jsp
│ ├─src
│ └─uninstall
│ database.sql
│
├─cms
└─space
通过OSGi动态技术，将需要的模块动态加载，其他模块不提供，数据库的对应脚本写在各自模块中。另外，还能动态加载新的模块，实现升级、卸载自动化。
把一个个模块作为jar打包进去可不可行。
代码，页面和数据库脚本按照每个模块所属编写到所属文件夹下，每个模块用独立的ant脚本来编译，需要哪个模块的时候就编译哪个模块
这个问题我一直也在考虑,但是一直没有合适的解决办法,servlet3.0 碎片化配置或许能好些,我给你提供一个思路,把每个模块当作一个项目来开发,其他还真没想到好的办法和替代技术!!
碰到和楼主相似的问题 我现在针对不同的用户使用不同模块
所有的代码和数据库也是统一部署的
可以用 maven管理 osgi组件式。
也可以参考 spring的插件方式。实现spring的接口，让spring的反射技术来加载你的组件
模块soa化部署 公用的部分可以搞成通用组建引入，插件的形式配置功能名称及链接
项目代码首先要分开来，其他都好办了