【生信】bowtie2比对双端测序后 在IGV上打开没有东西

描述：进行双端测序的bowtie2后，在IGV上找不到东西（显示zoom in to see coverage 和 zoom in to see alignments，但放大之后也是没有东西，由于是组蛋白的chip，不应该出现这种情况），在网上也找不到类似情况，不是否有大哥也出现过类似的情况

流程：

mkder bowtie && cd bowtie

——》创建并进入待放数据的目录

axel -n 20 http://ftp.ensembl.org/pub/release-101/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz

将其重命名为“ho38g.fa.gz”

——》下载人类ho38g基因组作为参考基因组

gunzip ho38g.fa.gz

——》解压为fa格式

bowtie2-build /home/slm/bowtie/ho38g.fa ho38g

——》建立索引

cd ~/project/align/clean

(cleandata放在home/slm/project/align/clean下面)

gunzip example_1.fq.gz

gunzip example_2.fq.gz

bowtie2 -p 4 -x /home/slm/bowtie/ho38g -1 /home/slm/project/align/clean/example_1.fq -2 /home/slm/project/align/clean/example_2.fq -S /home/slm/project/human/result.sam

——》解压cleandata并将其与参考基因组比对，最后输出

——》结果

cd ~/bowtie

samtools view -bS result.sam>result.bam

samtools sort result.bam -o result.bam.sort

samtools index result.bam.sort

——》将sam格式转化为index，以能igv打开

cd ~/biosoft/IGV

sh igv.sh

载入系统的human 38g 基因组——》load file——》上面所得bam——》index为上面所得bam.sort.bai

——》出现上面所述问题

不知道是不是IGV操作出现问题。。。。。。（我的上一个提问）

1

暂定解决方法（待尝试）：bam——》bw文件，再IGV打开