spring目的是解耦合，使用配置文件方式，一旦出现要修改的地方可以轻松的修改，甚至不用改java文件，不用重新编译等。
1. 如果使用注解方式，比如：@Autowired，那么如果修改起来，还是要修改源文件，重新编译。
2. 对于一些简单的接口实现等，感觉使用自动注入和new区别不大，使用注解和new效果差不多，修改起来都很费事，比如把dao注入到service：
@Autowired
@Qualifier("xxDao")
IXXDao xxDao;
和
IXXDao xxDao = new XXDaoImpl();
感觉要换个实现类，都要修改源文件，都要修改这里，注解也就是修改量小一些，这样的话注解给人的感觉是解耦合了，但操作起来感觉也不是很简便。
3. 使用注解，开发起来很方便，的确比配置文件快，但是维护感觉很郁闷啊，经常修改别人代码，总要ctrl+H搜索自动注入的类在哪。
开发很久了，一直用配置文件，最近改用注解了，对于注解有些小疑惑，希望大家讨论讨论，解惑解惑。
个人见解:
当你的dao中xml配置有30-40个 那你的配置文件是不是很大了
阅读起来就不怎么舒服了.
有annotation 那么xml配置文件就简洁多了 只要一句自动扫描得配置就好了
但是也有缺点,无法对.class 文件 进行注入 这是只能用xml了
主要还是要看项目的约定,规定用annotation那就用annotation
规定用xml就用xml :D
:x :x 你也没说疑惑在哪呢，就是你上面提到的几点吗？我提倡使用配置文件，注解太分散，也不容易理解和查找。
我倒没有怎么用过注解，注解是在配置文件方式之后，可能别人觉得东西新就好用这个道理吧。
我是推荐使用配置文件，这样结构上面要清晰很多！用注解的话会很方便简单，但是对于大型项目的话，维护成本会较高。还有一点对于使用配置文件和注解两种方式哪种效率上面更高一些，这个也是一个可以讨论的话题。
spring 配置文件多了,很恶心,目前我遇到的是5个spring文件+注解,再spring配置文件里面找东西很麻烦...
如果springXML变了你的项目还是需要重新打包,(别告诉我你不编译就打包);
annotation 也有缺点,不过你说的也是... 一般spring都是单例,autowire就行,虽然不推荐...
其实用注解也挺好的吧，我想主要就是为了提高开发速度，调高开发的效率。当然配置文件便于维护，所以我还是推荐使用配置文件，这样起码在结构上比较清晰，维护也比较方便。