getHibernateTemplate().save()与getHibernateTemplate().getSessionFactory().getCurrentSession().save()有什么区别，谁能说说啊。
第二个是直接从SessionFactory获取Session，不受spring声明式事务管理。
第一个是调用spring的模板，第二个同上。
getHibernateTemplate().save()是封装了的，getHibernateTemplate().getSessionFactory().getCurrentSession().save()也就是session的save方法，为封装异常和事务的处理，需要你自己在代码中处理。
印象中如果没有配置事务的话getHibernateTemplate().save()会自动提交，getHibernateTemplate().getSessionFactory().getCurrentSession()的话会返回没有绑定session的错误。
可能是声明式事务配置错了，也可能是疏忽了hibernate的某些机制的代码错误（如对托管态实例的修改等），不了解具体情况不好判断啊。
另，楼主确定是三个“数据库”而不是三个“数据库表”？