我指的不是前台是流程和后台
交互原型设计软件 Axure RP Pro ,搜一搜，看看是不是你要的
jsp-->servlet->service->dao
不太能理解LZ的意思,不过流程设计的话一般用UML工具来画时序图.
工具那很多了,我用简单点的startUML和PD里面的UML工具.
jbpm来实现。。。
BPEL, 推荐一下JDeveloper 10g 和11g
简单的就自己写把，就是一个有限状态机模式，使用什么工作流框架还不好用，学习成本非常高。