转录组分析流程中表达基因的基因数量问题

我按照标准流程进行转录组分析：
hisat2 -p 8 --no-mixed --dta -x $indexs -1 $sample1 -2 $sample2 -S $out
samtools sort -@ 8 $d'.bam' $d'.sorted'
samtools view -bS $d'.sam' > $d'.bam'
stringtie -p 8 -G duckbase.refseq.v4.NCBI2016.gtf -A $d'.tab' -o $d'gtf' $d'.sorted.bam'
为什么参考基因组中有20000多个基因，而进行stringtie -A输出的基因表达量tab文件中只有10000多个基因呢，是软件版本的问题还是我参数设置的不对呢？