init应该写在哪里，怎么用，看了没明白。

FadeInShuffling = {};
FadeInShuffling.show = function() {
    this.change = null;
    this.length = 0;
}
// 对象下的一个方法
FadeInShuffling.show.prototype.FadeInOut = function(name) {
    var oDiv = document.getElementById(name);
    var oUl = document.createElement("ul");
    for(var i = 0 ; i < 7; i++){
        var oli = document.createElement("li");
        oli.innerHTML = i;
        oUl.appendChild(oli);
    }
    oDiv.appendChild(oUl);
    $("#" + name + " li").css({
        "display":"none",
        "float":"left",
    });
    $("#" + name + " li").eq(0).css("display", "block");
    // 定时器轮播
    this.change = setInterval(function() {
        this.length++;
        // 判断 个数
        if(this.length == $("#" + name + " li").length) {
            this.length = 0;
        }
        // 调用fadeIn、fadeOut方法
        showaa(this.length);
    }.bind(this), 2000);

    function showaa(length) {
        $("#" + name + " li").eq(length - 1).fadeOut(1000); //将上一张图片隐藏
        $("#" + name + " li").eq(length).fadeIn(2000); //将这张图片出现
    }
}

就像是封装的这个函数，init应该写在哪里呢？

没必要就不需要写init啊，多个init干嘛。。代码可以优化下，不要每次都选出li对象，保存下li集合的引用

    FadeInShuffling = {};
    FadeInShuffling.show = function () {
        this.change = null;
        this.length = 0;
    }
    // 对象下的一个方法
    FadeInShuffling.show.prototype.FadeInOut = function (name) {
        var oDiv = $('#name');// document.getElementById(name);
        var oUl = document.createElement("ul");
        for (var i = 0 ; i < 7; i++) {
            var oli = document.createElement("li");
            oli.innerHTML = i;
            oUl.appendChild(oli);
        }
        oDiv.append(oUl);
        var lis = oDiv.find('li');/////////
        lis.css({
            "display": "none",
            "float": "left",
        });
        lis.eq(0).css("display", "block");
        // 定时器轮播
        this.change = setInterval(function () {
            this.length++;
            // 判断 个数
            if (this.length == lis.length) {
                this.length = 0;
            }
            // 调用fadeIn、fadeOut方法
            showaa(this.length);
        }.bind(this), 2000);

        function showaa(length) {
            lis.eq(length - 1).fadeOut(1000); //将上一张图片隐藏
            lis.eq(length).fadeIn(2000); //将这张图片出现
        }
    }