关于eclipse和webstorm的git协作的问题

如题,前端使用的是webstorm开发html,后台使用eclipse开发,版本控制使用git。目前的思路是页面提交一个分支,后台提交一个分支,功能模块完成后将页面分支融合到后台分支,目前遇到的问题是当页面分支的更新融合到后台分支时,会发生冲突,冲突的范围是整个文件,不知道原因,请各位指教。
另外像这种开发场景,使用怎样的管理方式更为简便?

git merge的时候可以先比较一下,然后用-X theirs等来觉得采用哪一方的版本

为了解决冲突,前端,后台应该经常频繁的git pull等做同步。防止版本分叉太远

后端eclipse ,前端webstorm ,我是在webstorm下面直接打开eclipse下Java项目中前端静态目录,也就是不存在冲突问题,由于是同一个项目