Ubuntu系统安装在U盘中，那么linux下的软件也必须要装在U盘里面吗？

这个不一定，但是如果你装在U盘里是为了把这个系统带着走，拿到别的计算机用的话，软件装在别的地方，那么就很不方便了。

看你是U盘运行系统还是其它硬盘运行系统。。。