我平常的做法都是在其他表保存部门表的id表示这条数据与这个部门有关联。
就应该这么设计。理论依据是数据库的三大范式http://blog.csdn.net/w__yi/article/details/19934319
我用和你一样的方法，就是用一个字段来表示外键，但是不会真的在数据库层面上建立外键