java中读取一个文件一中的内容，这个文件的每行都是一个词，在文件二中查找文件一中词出现的次数

String lineTxt1 = new String();
String lineTxt2 = new String();

                while((lineTxt1 = bufferedReader1.readLine()) != null)
                {

                    while((lineTxt2 = bufferedReader2.readLine()) != null){

                        if(lineTxt2.indexOf(lineTxt1)!= -1)  
                        {
                              number++;

                        } 
                    }
                                        但是输出结果都是0，事实是有的词出现次数不为0，请教大神，错在哪里了

在if(lineTxt2.indexOf(lineTxt1)!= -1) 下断点看下lineTxt1 lineTxt2的值
另外number这个在哪里定义的？怎么输出的。

似乎number定义的地方不太对，你是统计每个单词出现的次数。按照题主的描述，应该一次性把两个文件内容都读取出来效率比较高一点