比如已知a软件是一款用于b任务的轻便软件。在linux上一条命令，调用软件，给待处理数据，给参数，然后就能运行。但是我怎么知道a软件的代码？我很外行，但就是想看一看该软件的代码，是不是这种想法是不对的，它们不会被公布？但这个软件是在网上可以免费下的呀
如果软件是开源的，那么就可以找到代码。一般对于图形界面的程序，在帮助-关于中有程序的版权信息，可以看到，像gnu gpl等都是开源的。
对于命令行程序，一般是输入-help -about之类的参数可以看到对应的版权信息。
另外也可以google了解。
软件能够免费下载，并不代表软件的源码是公布的，因为安装软件都是通过一定的处理，将软件开发过程中产生的文件进行了处理，常见的就是软件打包，生成可安装文件。
通常只有开源软件，才会在自己的官网上公布软件的源码的。非开源、商业软件都是有版权的，它们的提供商都作了版权保护处理的。
如果是开源软件是可以在官网下载源代码的，**免费**和**开源**并不对等
http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/contrib.html#source-code
这是源代码
装一个svn客户端，用svn checkout http://svn.code.sf.net/p/htseq/code/trunk htseq-code可以获取
如果只是想学习软件的代码是怎么写的，可以在GitHub上去找一下，即使不开源的软件，但是会有网友会去模仿它的功能去实现它