//原始线图层
IFeatureClass pFeatureClass = pLayer.FeatureClass;
//获取要素
IFeature pFirstFeature = pFeatureClass.GetFeature(85);
IFeature pSecondFeature = pFeatureClass.GetFeature(420);
//获取Geomtry并统一投影坐标系
以下获取的两个Geomtry的类型都为polyline类型，且polyline的组成都为仅有两个点
IGeometry pFirstGeometry = pFirstFeature.Shape;
IGeometry pSecondGeometry = pSecondFeature.Shape;
pSecondGeometry.Project(pFirstGeometry.SpatialReference);
//执行differnce算法
IGeometry pResult = pTopologicalOper.Difference(pSecondGeometry);
//结果
在9.3下，执行正常，并获取正确结果
在10.1下，执行difference失败，提示com组件调用错误
//目前考虑的问题：
1.空间参考不一致，已经确认是一致的，因为是来自同一个图层的要素，且执行了投影；
2.坐标范围是否在空间参考阈值Domain范围之内，经确认，坐标是在空间参考阈值Domain之内；
求解释，难道是10.1该方法的使用场景有新要求么
参考解决:对COM组件的调用返回了错误HRESULT E_FAIL，先试试文中提到的方法是否能够解决你的问题。
如果不能解决问题，那可能是10.1版本本身可能有Bug，因为下面的资料显示这个方法对于某些GeoMetries可能会返回E_FAIL错误。
参考ArcGIS-101SP1QIP-IssuesAddressed.pdf
ITopologicalOperator.Difference() fails with E_FAIL on specific geometries in
ArcGIS 10.1.