Tomcat6在不同操作系统下 ，界面效果显示差异的原因？

为了给项目搭建一个模拟仿真环境，昨天将tomcat服务原封不动的从windows下拷贝到Linux下，后来经过一系列配置后可以访问了。
但是发现展示出来的界面显示效果和开发环境（也就是在自己的windows机器上）有一些区别，主要是DIV位移和导致的不对齐现象，如图。

需要说明一样，使用IE浏览器访问，两种环境界面无差异，使用谷歌，360浏览器才有以上情况。
请问有遇到过这种情况的吗，操作系统之间主要的差异点在什么地方呢？求指点。