老师您好！我在利用基因组的SNP位点进行PCA分析时，在进行这项命令gcta64 --bfile tmp --make-grm --autosome --out tmp时报错。错误如下。
Error: Line 1 of [tmp.bim] contains illegal chr number, please check
An error occurs, please check the options or data
un 7_49 0 424 G A就是tmp.bim的首行。恳请老师指导如何解决。
用的是什么软件call的SNP呢？建议用GATK进行calling，再尝试。
我开始用bcftools calling的做PCA的时候得到的PCA的文件总是空值，后来换了GATK就好了。