RNA-seq数据用STAR比对后内含子序列过高

各位老师，
我的mouse的RNA-seq数据用STAR软件做序列比对后发现，内含子比对比例太高，有近40%，intergenic比对也有13%左右。
我想问一下导致这种情况的原因有哪些？对后续分析的影响大不大？进一步的分析应该怎么办呢？

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